สิ่งก่อสร้างที่ปรากฏอยู่ในปัจจุบันถูกสร้างให้เป็นโบสถ์ในระหว่างปี ค.ศ. 532-537 โดยจักรพรรดิจัสติเนียนแห่งจักรวรรดิไบแซนไทน์ และเป็นโบสถ์หลังที่สามถูกสร้างขึ้นในสถานที่เดียวกันนี้ (โบสถ์สองหลังแรกถูกทำลายในระหว่างการจลาจล) โบสถ์นี้เป็นศูนย์กลางของนิกายอีสเติร์นออร์โธด็อกซ์ เป็นเวลาเกือบ 1,000 ปี
ในปี 1453 หลังจากที่จักรวรรดิออตโตมันพิชิตจักรวรรดิไบแซนไทน์ สุลต่านเมห์เหม็ดที่ 2 จึงดัดแปลงโบสถ์ให้กลายเป็นสุเหร่า เช่นย้ายระฆัง แท่นบูชา รูปปั้นต่าง ๆ ออก และสร้างสัญลักษณ์ทางอิสลาม เช่นเสามินาเรต แทน สุเหร่าโซเฟียเป็นสุเหร่าหลักของอิสตันบูลมากว่า 500 ปี และเป็นต้นแบบของสุเหร่าออตโตมันอีกหลายแห่ง เช่นสุเหร่าสุลต่านอาเหม็ด (สุเหร่าสีน้ำเงิน), สุเหร่าเซห์ซาเด, สุเหร่าซือเลย์มานิเย และสุเหร่ารืสเตม ปาชา ในปี 1935 ฮาเจียโซเฟียก็ถูกเปลี่ยนเป็นพิพิธภัณฑ์โดยสาธารณรัฐตุรกีจนถึงปัจจุบัน
อีกชื่อหนึ่งของ ฮาเจียโซเฟีย คือเซนต์โซเฟีย ซึ่งมาจากชื่อเต็มในภาษากรีก "Ναός τῆς Ἁγίας τοῦ Θεοῦ Σοφίας" แปลว่า โบสถ์แห่งปัญญาอันศักดิ์สิทธิ์ โดยคำว่า "โซเฟีย" มาจากภาษาละติน ที่เปลี่ยนมาจากคำในภาษากรีกที่แปลว่า "ปัญญา" อีกทีหนึ่ง จึงไม่มีความเกี่ยวข้องกับเซนต์ที่ชื่อโซเฟียแต่อย่างใด
http://th.wikipedia.org/wiki/สุเหร่าเซนต์โซเฟีย
http://www.rmutphysics.com/CHARUD/OLDNEWS/92/index92.htm
